بورس دکتری آلمان Computational Systems Biology

PhD Positions

۳ Open Positions

Humboldt-Universität zu Berlin

DFG Research Training Group “Computational Systems Biology”

Biology has developed into a quantitative, information-driven science. We are seeking doctoral students for the DFG-funded Research Training Group “Computational Systems Biology” (CSB) which focuses on the system-level understanding of biological data using computational methods. CSB is embedded in the thriving Berlin life-science environment and involves high-ranking research institutions such as Humboldt-Universität zu Berlin, Freie Universität Berlin, Charité-Universitätsmedizin Berlin, Max Planck Institute for Molecular Genetics and Max Delbrück Center for Molecular Medicine Berlin-Buch.

We are looking for highly-motivated students with a strong interest in systems biology and mathematical modelling. Successful applicants must hold the equivalent of a master’s level degree in life sciences, mathematics, biophysics or computer sciences. The PhD positions are offered for 3 years. The salary is according to the German TV E13 scale (65%).

We offer an excellent training program in computational systems biology, supervision by at least two experienced scientists, and multifarious opportunities for developing local and international collaboration.

Online application here

Email contact: [email protected]

Application deadline August 5, 2016

Three positions are available – one in each of the following groups:

Prof. Martin Falcke

Non-genetic origins of cell-to-cell variability

Prof. Martin Falcke, Max Delbrück Center for Molecular Medicine

Cytosolic Ca²⁺ is a universal second messenger controlling a large variety of processes from egg activation after fertilization, gene expression and differentiation, secretion, muscle contraction etc. to cell death (1-5). One temporal form of Ca²⁺ signals are Ca²⁺ spike sequences, which control among other effectors also transcription under the control of NFAT, NFκB, STAT3, Oct/OAP (6-10). In recent years, our group has characterized the temporal properties of Ca²⁺ spike sequences. The main results are: Interspike Intervals (ISIs) are random with a linear relation between SD and average ISI (11-13), spike amplitude and duration are independent from stimulation in many cells, the average ISI exhibits an exponential concentration response curve. The randomness of Ca²⁺ spike timing and the observation of SDs of ISIs in the same order of magnitude as the average ISI render Ca²⁺ spiking a likely source of intrinsic noise and non-genetic origin of cell-to-cell variability. We will follow up this hypothesis by modelling the control of transcription by Ca²⁺ via the above transcription factors. We will also seek an experimental partner able to monitor expression of a reporter gene controlled by Ca²⁺ to obtain specific experimental results to be modeled.

1. M. Berridge, Inositol trisphosphate and calcium oscillations. Biochem Soc Symp 74, 1 (2007).
2. M. J. Berridge, Inositol trisphosphate and calcium signalling. Nature 361, 315 (1993).
3. M. J. Berridge, Inositol trisphosphate and calcium signalling mechanisms. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – Molecular Cell Research 1793, 933 (2009).
4. M. J. Berridge, M. D. Bootman, P. Lipp, Calcium–a life and death signal. Nature 395, 645 (1998).
5. M. J. Berridge, P. Lipp, M. D. Bootman, The versatility and universality of calcium signalling. Nat Rev Mol Cell Biol 1, 11 (2000).
6. R. E. Dolmetsch, R. S. Lewis, C. C. Goodnow, J. I. Healy, Differential activation of transcription factors induced by Ca2+ response amplitude and duration. Nature 386, 855 (1997).
7. R. E. Dolmetsch, K. Xu, R. S. Lewis, Calcium oscillations increase the efficiency and specificity of gene expression. Nature 392, 933 (1998).
8. S. Feske, J. Giltnane, R. Dolmetsch, L. M. Staudt, A. Rao, Gene regulation mediated by calcium signals in T lymphocytes. Nat Immunol 2, 316 (2001).
9. L. Zhu et al., Ca2+ oscillation frequency regulates agonist-stimulated gene expression in vascular endothelial cells. J Cell Sci 121, 2511 (2008).
10. L. Zhu et al., Cumulated Ca2+ spike duration underlies Ca2+ oscillation frequency-regulated NFκB transcriptional activity. Journal of Cell Science, 2591 (2011).
11. A. Skupin et al., How does intracellular Ca2+ oscillate: By chance or by the clock? Biophys J 94, 2404 (2008).
12. K. Thurley, M. Falcke, Derivation of Ca2+ signals from puff properties reveals that pathway function is robust against cell variability but sensitive for control. Proc Natl Acad Sci USA 108, 427 (2011).
13. S. Dragoni et al., Vascular endothelial growth factor stimulates endothelial colony forming cells proliferation and tubulogenesis by inducing oscillations in intracellular Ca2+ concentration. STEM CELLS 29, 1898 (2011).

Prof. Martin Vingron

Gene regulatory mechanisms and networks

Prof. Martin Vingron, Max Planck Institute for Molecular Genetics

The Vingron group works on computational and data analytic approaches to gene regulation. Recently, we have applied network construction methods to epigenetic data and have developed new, non-linear network reconstruction methods (see 1-5 below). Such networks, together with a better understanding of functional chromatin segments, should allow us to gain insight into gene regulatory mechanisms. We are looking for a PhD student to contribute to our effort to model gene expression based on available data on transcription factor binding, epigenetic marks, and sequence features.

1. Karlic R, Chung HR, Lasserre J, Vlahovicek K, Vingron M (2010) Histone modification levels are predictive for gene expression. Proc Natl Acad Sci U S A 107:2926-2931
2. Lasserre J, Chung HR, Vingron M. (2013) Finding associations among histone modifications using sparse partial correlation networks. PLoS Comput Biol. 2013;9(9):e1003168.
3. Perner J, Lasserre J, Kinkley S, Vingron M, Chung HR (2014) Inference of interactions between chromatin modifiers and histone modifications: from ChIP-Seq data to chromatin-signaling. Nucl. Acid Res. 42(22):13689-95
4. Ghanbari M, Lasserre J, Vingron M (2015) Reconstruction of Gene Networks Using Prior Knowledge. BMC Syst. Biol. 9:84. doi: 10.1186/s12918-015-0233-4
5. Mahsa Ghanbari, Julia Lasserre, Martin Vingron (2016) The Distance Precision Matrix: computing networks from nonlinear relationships. arXiv:1605.03378

Dr. Jana Wolf

Integrated analysis of metabolic and signaling processing in tumor cells

Dr. Jana Wolf, Research Group Leader, Mathematical Modelling of Cellular Processes, Max Delbrück Center for Molecular Medicine

In the last decade a number of tumor entities have been intensively analyzed. It has been shown that beside perturbations in signal transduction and gene regulation events, tumor cells harbor perturbed metabolic pathways. Characteristic is a shift in the cellular energy metabolism, leading to an enhanced glycolysis in the presence of oxygen (Warburg effect). However, other metabolic pathways are also modified. We are interested in an integrated understanding of the dysregulation of metabolic processes in neuroblastoma, which according to a long-term perspective, should be linked to perturbations in signaling processes.

لینک خبر

منبع: Humboldt University of Berlin

اخبار مرتبط : 

آموزش نوشتن توصیه نامه علمی برای پذیرش داخل و خارج از کشور – قسمت اول

توصیه نامه دکتری نمونه توصیه نامه استاد Recommandation letter – قسمت دوم

اداره گذرنامه / مدارک لازم جهت صدور گذرنامه

بورس ارشد انگلستان بورسیه تحصیلی

بورس دکتری آلمان Dresden Leibniz Graduate School

فرصت مطالعاتی دکتری ارشد مهندسی آمریکا

پسا دکتری ایتالیا Max Weber Fellowships

بورس دکتری بلژیک بورسیه تحصیلی

بورس ارشد اسپانیا business school barcelona بورسیه تحصیلی

پسا دکتری دانشگاه اسلو نروژ Nutrition

بورس دکتری دانشگاه Western استرالیا بورسیه تحصیلی

بورس دکتری مرکز تحقیقات سرطان آلمان بورسیه تحصیلی

بورس استرالیا دانشگاه Queensland بورسیه تحصیلی دکتری ارشد کارشناسی

بورس دانشگاه لوزان سوئیس بورسیه تحصیلی ارشد

بورس YAMAHA آلمان

پسا دکتری رباتیک دانشگاه Oslo نروژ Robotics and Intelligent Systems

بورس تایلند Chulabhorn Graduate Institute بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه BPP انگلستان بورسیه تحصیلی

بورس دکتری دانشگاه اسلو نروژ Geophysical Flow Processes

بورس دکتری دانشگاه NTNU نروژ بورسیه تحصیلی

بورس دکتری دانشگاه Heriot-Watt انگلستان بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه رم ایتالیا بورسیه تحصیلی

بورس دکتری دانشگاه Huddersfield انگلستان بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه اراسموس هلند ۴ بورسیه تحصیلی متفاوت

بورس ارشد دانشگاه Chichester انگلستان بورسیه تحصیلی

بورس ارشد دانشگاه Leiden هلند بورسیه تحصیلی

بورس دکتری ماکس پلانک آلمان Max Planck بورسیه تحصیلی Chemical Ecology

کارآموزی شرکت Novo Nordisk در دانمارک

کارآموزی سازمان ملل Internship Program United Nations

بورس دکتری امنیت سایبری دانشگاه Oslo نروژ Cybersecurity

بورس دانشگاه Bolton انگلستان بورسیه تحصیلی ارشد

بورس ماکس پلانک آلمان بورسیه تحصیلی دکتری Max Planck

بورس MBA دانشگاه Brunel انگلستان بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه Bonn آلمان بورسیه تحصیلی دکتری ارشد Mathematics

بورس دانشگاه Coventry انگلستان بورسیه تحصیلی دکتری ارشد کارشناسی

بورس دکتری دانشگاه Cardiff انگلستان بورسیه تحصیلی Social Sciences

بورس دکتری دانشگاه Oslo نروژ بورسیه تحصیلی Soft Matter

بورس MBA انگلستان بورسیه تحصیلی

بورس دکتری روسیه بورسیه تحصیلی

بورس دکتری دانشگاه Open انگلستان بورسیه تحصیلی

بورس دکتری دانشگاه کپنهاگ دانمارک Business and Politics

بورس دکتری Marketing دانشگاه کپنهاگ دانمارک بورسیه تحصیلی

فرصت مطالعاتی ژاپن Matsumae International Foundation

پسا دکتری دانشگاه Oslo نروژ بورسیه تحصیلی

پسا دکتری ژنتیک ژاپن National Institute of Genetics

بورس دانشگاه Coventry انگلستان بورسیه تحصیلی

بورس دکتری روانشناسی دانشگاه Oslo نروژ بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه Open انگلستان بورسیه تحصیلی دکتری

بورس دکتری سنگاپور بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه Queensland استرالیا بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه Edinburgh انگلستان ۱۰ بورسیه تحصیلی

استخدام شرکت پوما آلمان PUMA

بورس دانشگاه Cardiff انگلستان بورسیه تحصیلی دکتری

بورس دانشگاه Westminster انگلستان بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه استرالیا بورسیه تحصیلی دکتری ارشد کارشناسی

بورس نفرولوژی International Society of Nephrology

پسا دکتری اکولوژی دانشگاه اسلو نروژ بورسیه تحصیلی

بورس دکتری دانمارک دانشگاه کپنهاگ بورسیه تحصیلی

پسا دکتری اتریش Postdoctoral Research at IIASA

پسا دکتری بیوشمی دانشگاه اسلو نروژ بورسیه تحصیلی

پسا دکتری هند بیوتکنولوژی بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه گریفیت استرالیا بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه کپنهاگ دانمارک بورسیه تحصیلی دکتری

پسا دکتری دانشگاه پنسیلوانیا آمریکا بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه انگلستان بورسیه تحصیلی دکتری

بورس دانشگاه نروژ بورسیه تحصیلی دکتری

بورس دانشگاه Glasgow انگلستان بورسیه تحصیلی ارشد

بورس دانشگاه Waikato نیوزیلند بورسیه تحصیلی دکتری

بورس دانشگاه ترکیه بورسیه تحصیلی دکتری ارشد

بورس دانشگاه Swinburne استرالیا بورسیه تحصیلی دکتری ارشد

بورس دانشگاه Curtin استرالیا بورسیه تحصیلی

بورس دانشگاه بولتون انگلستان بورسیه تحصیلی مقطع ارشد

بورس دانشگاه بولتون انگلستان بورسیه تحصیلی مقطع ارشد و کارشناسی

بورس دانشگاه کپنهاگ دانمارک بورسیه تحصیلی دکتری

بورس دانشگاه ایرلند بورسیه تحصیلی دکتری کارشناسی ارشد

بورس دانشگاه استرالیا بورسیه تحصیلی دکتری کارشناسی ارشد

بورس دانشگاه نیوزیلند بورسیه تحصیلی دکتری کارشناسی ارشد

بورس دانشگاه کره جنوبی بورسیه تحصیلی مقطع کارشناسی

پسا دکتری ناسا NASA Postdoctoral Program

بورس دانشگاه کپنهاگ دانمارک بورسیه تحصیلی دکتری

بورسیه تحصیلی دکتری بورس دانشگاه کالج لندن

بورسیه تحصیلی دکتری ارشد کارشناسی انگلیس بورس دانشگاه منچستر متروپولیتان

بورسیه تحصیلی بورس دانشگاه یاسوج دکتری ارشد

پسا دکتری دانشگاه حکیم سبزواری

موسسات اعزام دانشجو به خارج از کشور فهرست فروردین ۹۵

پسا دکتری دانشگاه علوم پزشکی شیراز

پروژه های تحقیقاتی مگاساینس پسا دکتری

بورسیه

پسا دکتری

دکتری

برای دریافت اطلاعات بیشتر در این رابطه به منوی لینک های ویژه ، پست اپلای ، ادامه تحصیل خارج از کشور – رزومه – بورس – توصیه نامه – نحوه گرفتن پذیرش و موارد مهم دیگر که پیوسته به روز رسانی می شود مراجعه کنید و یا در خبرنامه ایمیلی رایتمن ثبت نام کنید تا اخبار جدید استعلام شده در این رابطه برای شما ارسال شود.